本发明实施例提供了高速信号传输电路及基于高速信号传输电路的控制方法，涉及印刷电路领域，所述高速信号传输电路包括感值补偿模块、容性调整模块以及换层通孔模块，在接收到高速信号源输出的高速信号时，通过感值补偿模块对高速信号的工作频率进行正偏处理，并将正偏处理后的高速信号输出至换层通孔模块；而在接收到换层通孔模块输出的高速信号时，则通过容性调整模块对高速信号的工作频率进行负偏处理，实现了分别通过感值补偿模块与容性调整模块对高速信号进行升频和降频，以通过高速信号工作频率的二次微调达到高速信号分频的电磁干扰屏蔽效果；降低了整机针对EMI的额外设计成本，提升了产品的可靠性。