本发明提出了一种考虑系统柔性的综合能源系统优化调度方法及系统，涉及优化调度技术领域，具体方案包括：构建综合能源系统的数学模型，所述综合能源系统包含水、冷、热和电力四个部分；从源侧和需求侧定义表达综合能源系统的柔性指标：源侧柔性的指标为发电柔性和产热柔性，需求侧柔性的指标为用电柔性和用热柔性；基于数学模型和柔性指标，建立所述综合能源系统的优化调度模型；向所述优化调度模型输入所述综合能源系统的运行参数，求解所述优化调度模型，得到综合能源系统的优化调度方案；本发明从源侧和需求侧定义表征综合能源系统应对不确定性的能力的柔性指标，引入到优化调度模型中，从而提高综合能源系统的最优运行效果，提升能源系统效率。