本发明属于电力自动化技术领域，具体涉及一种新能源优先消纳的跨区多通道集中交易出清方法及系统。所述方法包括：获取交易出清参数；对购‑售‑路径‑时段交易对进行判断得到有效交易对；以所有优化时段的总社会福利最大化为目标，进行第一次集中交易出清；以新能源总出清量最大化为目标，进行第二次集中交易出清，得到出清电量值；对出清电量值大于0的售方市场主体和购方市场主体进行定价，获得出清价格。本发明采用两次交易出清的方式，得到同时满足总社会福利最大化和新能源优先消纳目标下的出清电量值和出清价格，实现了新能源优先消纳目标，保证了大电网安全运行；同时在申报环节、出清环节和定价环节对出清价格进行修正，考虑到了市场主体的限价要求，提升了市场运行的公平、稳定性。