本发明公开了一种燃料电池吹扫过程优化方法、设备及存储介质，模拟多次燃料电池吹扫过程，获得每次燃料电池吹扫过程对应的所消耗的能量、吹扫时间、高频阻抗值修正值，排除吹扫时间大于最大吹扫时间或者排除高频阻抗值修正值小于高频阻抗的目标值对应的燃料电池吹扫过程，选取剩余燃料电池吹扫过程中所消耗的能量最小值对应的燃料电池吹扫过程作为最优燃料电池吹扫过程，将最优燃料电池吹扫过程对应的吹扫时间，阴极吹扫流量、阳极吹扫流量以及吹扫时电池温度作为现实燃料电池吹扫过程的操作参数。本发明能够提升吹扫的效果，减少吹扫过程中的能耗，在满足吹扫性能的条件下能够尽可能减小吹扫的能耗和吹扫的时间，提出最优的吹扫方法。