本发明涉及一种基于负荷驱动与堆叠集成学习的碳排放预测方法与系统，具体包括：收集历史用电量数据、生产工艺流程中历史生产关联量数据与历史碳排放量作为原始样本集；对原始样本集中的异常数据进行异常值修正，得到修正后的原始样本集；对修正后的原始样本集进行归一化处理，并划分为多个数据集；根据数据集中的电力机组数据计算间接碳排放量；根据数据集通过交叉验证法对改进双层Stacking模型进行训练与预测，得到直接碳排放量；将间接碳排放量与直接碳排放量求和，得到碳排放总量。本发明提供的碳排放预测方法考虑了能源结构消费，通过机组数据计算间接碳排放，通过改进双层Stacking模型计算直接碳排放，使预测结果更加合理。