本发明提供了一种基于SDN架构的SCADA安全控制系统。涉及数据传输技术领域，其系统包括：获取待传输数据并分割为多个分组；根据哈希函数计算各分组的第一哈希值，并赋值于对应分组中；当SDN控制器接收到各分组时，计算各分组的第二哈希值，判定对应分组是否在传输过程中发生修改；当SDN控制器检测到分组被修改时，获取并应用被修改分组的安全策略，对SCADA系统进行安全控制，并进行全局可视化处理；既提高了SCADA系统的安全性，又提高了数据传输效率以及实现了全局网络调度平衡。