本发明涉及真菌孢子分离技术领域，具体为一种真菌孢子分离处理装置及其方法，真菌孢子分离处理装置包括处理机构和过滤机构，所述处理机构由粉碎部和控制出料件组成，所述过滤机构由衔接部和过滤部组成。本发明将破碎作业与过滤作业结合形成一体化处理系统，植物根样/植物根样及土壤接受破碎后即时的接受多层不同程度的过滤处理，同时在过滤期间伴随着配合件运作，形成多层不同程度的动态过滤模式，增大了破碎物过滤的效率，提高了破碎物的过滤效果，继而提高了真菌孢子分离处理的效果。