本发明公开了一种样瓶自动清洗系统，其包括：进料输送机构、样瓶旋转架、超声波清洗装置、漂洗装置、风干装置和拨瓶机构，所述样瓶旋转架包括能够旋转的主轴，所述主轴上固定有三组样瓶架，每组样瓶架包括多个分布在主轴的外周的样瓶架，所述样瓶架上滑动设置有多个样瓶，所述超声波清洗装置、漂洗装置和风干装置分别与三组样瓶架一一对应设置，相邻的两组样瓶架之间设有连接过道，所述拨瓶机构用于推动样瓶在样瓶架和连接过道之间移动以及推动样瓶架内的样瓶下料，所述进料输送机构的出料端与样瓶旋转架的进料端连接。与现有技术相比，本发明能够同时对三个样瓶架内的样瓶进行超声波清洗、漂洗和风干，且能完成样瓶在不同工序间自动转运。