本申请涉及肥料领域，尤其涉及一种能够改良土壤的菹草酵素肥及其制备方法。菹草酵素肥，以质量份计，原料包括：菹草酵素10~20份，尿素25~40份，多肽络合物5~10份，菌剂1~10份，改性壳聚糖5~10份，腐殖酸1~3份，氨基丁酸1~3份，水溶性氨基酸1~5份，无机金属化合物10~20份，粘结剂1~5份，表面活性剂3~5份，去离子水50~80份。本申请其制备的酵素肥能够在具有优异的土壤改善、降解土壤重金属的效果的前提下，保证其自身优异的稳定性，能够在长期的保存和运输过程中保证一个良好的自身性状，不分离不析出不变质，进而具有良好的保存性和使用寿命。