本发明涉及一种计算群时延测量相位的方法及系统，频谱分析技术领域，所述方法包括：S1、连接被测设备，计算设定频率，对接收到的多载波基带IQ信号进行谱峰搜索、频偏计算和补偿，并对多载波基带IQ信号进行截取；S2、通过快速傅里叶变换对截取后的多载波基带IQ信号进行处理，通过解卷绕和逆解卷绕的方式计算连接被测设备的测量相位；S3、计算未连接被测设备时的校准相位，并结合已连接被测设备时的测量相位计算群时延。本发明能够快速、准确地计算出真正的测量相位，从而计算出准确的群时延。