本申请公开了一种亚像素成像方法、装置、成像设备、探测器及存储介质。该亚像素成像方法包括：利用具有多个微元的光子探测器接收入射光子，从而由接收入射光子的相应微元产生脉冲信号，其中，多个微元基于对应脉冲信号的至少一个特征被编码，每个编码对应一个或多个微元，不同编码对应的微元不重合；读出所产生的脉冲信号，其中，若给定光子入射到不同编码的微元时，读出的脉冲信号的特征不同；根据读出的脉冲信号的特征，确定接收入射光子的相应微元的编码。与现有以整个感光面积区域作为最小感应单元的光子探测器相比，本申请在不改变现有光电器件物理尺寸的同时具有更高精度、更高响应的光子分辨能力。