本发明涉及一种高压电流互感器运行故障判别方法，包括以下步骤：采集若干测量点全部电流互感器的故障类型和二次电流数据；对二次电流数据进行分解，得到第一残差量；根据二次电流数据计算得到第二残差量；对第一残差量和第二残差量均进行残差分解、相关性分析和聚类分析，得到各故障类型对应的故障分量；对故障分量进行拼接，并模型提取特征，得到各故障类型对应的特征；通过二次电流数据A和各故障类型对应的特征得到故障电流互感器的特征向量；通过图卷积神经网络构建电流互感器故障分类模型；通过电流互感器故障分类模型对待评估互感器进行故障判断。该发明通过电流互感器的二次电流数据进行故障判别，避免停机检测，降低了监测成本。