本发明涉及一种柱层析中装填载体的输送系统，包括：储存装置，储存装置用于存储装填载体；第一输送装置，第一输送装置的进料口与储存装置的第一出料口管路连接；若干层析柱，若干所述层析柱通过管路并联连接，各层析柱的第一进料口与第一输送装置的出料口管路连接；第二输送装置，第二输送装置的进料口与各层析柱的第一出料口管路连接；干燥装置，干燥装置的进料口与第二输送装置的出料口管路连接，干燥装置的出料口与储存装置的进料口管路连接；以及气固分离装置，气固分离装置的进料口与储存装置的第二出料口管路连接，气固分离装置的第一出料口与各层析柱的第三进料口管路连接。本发明的输送系统及输送方法能够减少体力劳动，且全密闭操作。