本发明涉及一种改善骨质疏松的益生菌剂及其应用，所述改善骨质疏松的益生菌剂中的菌株由凝结芽孢杆菌Bacillus coagulans BC99菌株和乳酸片球菌Pediococcus acidilactici PA53菌株组成。两种菌株存在潜在的相互作用，能够相互配合，在改善骨质疏松方面的功效上协同增效，具体表现在：显著提高骨密度和骨体积分数，为骨骼提供更强的结构支持；显著改善血清中的骨转化指标，反映出骨重建过程的优化；显著改善血清骨代谢指标，显示出骨质的代谢状态得到了有效的调节和改善。