本发明公开了一种基于高光谱图像的无监督医药异物检测方法及系统，采用边缘检测算法和主成分分析算法对待测药品的初始高光谱图像进行空间和光谱维度的降维处理，实现原始医药高光谱图像的冗余度的降低进而提高后续模型的检测速度；通过局部区域算法获取纯净的降维高光谱图像的高光谱背景数据，将高光谱背景数据输入基于变分自编码器的药品高光谱重构模型中对模型权重参数进行训练，得到能够很好重构药品高光谱背景数据的药品高光谱重构模型；最后将降维高光谱图像输入训练完成的药品高光谱重构模型中，获得待测药品的重构高光谱图像，通过计算降维高光谱图像与重构高光谱图像数据之间的均方误差，得到最终的药品异物检测结果图。