本发明涉及一种AUV航行安全控制系统及控制方法。本系统包括：导航系统、主控计算机、控制用压力传感器、能源推进系统、安全控制系统、电源控制系统、无线通信系统、双CAN通信总线、水面无线通信系统。本系统通过多传感器融合、智能算法和自主决策，实现对AUV航行过程中导航异常、供电异常、通信异常及产品漏水等危及产品安全的故障进行监控管理，解决了AUV航行过程中内部电子组件软硬件异常或结构密封不良等影响航行安全的问题，极大地提高了AUV执行水下航行任务的安全性，且本系统性能稳定、方便高效、安全可靠，利于操作人员对设备的操作控制、监测和维护，具有较好的应用前景。