本发明涉及一种基于图编码的学科知识图谱复杂查询方法、系统、设备和介质，查询方法步骤如下：预处理学科知识图谱复杂查询数据集；初始化复杂查询的查询图中所有节点和边的向量表示，并设置迭代次数L；对查询图执行逻辑消息传递操作，每个节点得到对应的逻辑消息集合；将节点及该节点对应的逻辑消息集合输入注意力聚合器得到节点的更新向量表示；重复执行前两个步骤L次，得到所有节点向量表示经过L次更新的查询图；基于查询图中自由变量节点的向量表示使用NCE损失函数优化注意力聚合器和相关参数。该发明提出的注意力聚合器能够捕获输入向量集合各个元素之间的依赖关系并动态衡量不同元素的重要性，从而获得更优的节点聚合向量表示。