本发明涉及污染评估的技术领域，提供了一种水环境重金属污染综合评价方法及系统，所述方法包括：构建重金属污染评估指标体系，根据构建的指标体系采集水环境中的重金属污染数据，对收集到的数据进行预处理，将不同指标的数据统一到相同的量纲和范围内，根据指标的重要性和贡献度，确定各个指标的权重，并根据确定的权重和标准化后的数据，构建综合评价模型，以最终的评价结果作为输出，最后将综合评价模型得到的评价结果进行解释和分析，将评价结果分为不同等级以直观地表示水环境重金属污染的程度。