本发明公开了一种具有防堵机构的水利闸门，涉及闸门技术领域，由于水利闸门的启闭间隔时间不固定，存在水利闸门长时间固定状态的情况，此时水利闸门两侧的升降轨道内积存淤泥或者砂石，造成水利闸门运行不便的情况，所述闸门机构包括主闸门，所述主闸门包括侧闸门系统，所述侧闸门系统包括设置在主闸门两侧的侧闸门，所述主闸门的两侧设置两组升降限位轨道，所述侧闸门与升降限位轨道为滑动连接，所述主闸门的顶部设置液压驱动升降杆，所述液压驱动升降杆的顶部设置连接杆一，所述连接杆一的端头与侧闸门的顶部固定连接，小横截面积的侧闸门导致河床水流在经过侧闸门时水流速度快，则水流会冲击升降滑轨内槽，对升降滑轨实施初步的防堵措施。