一种农村黑水收集自动施肥系统及施肥方法，该农村黑水收集自动施肥系统包括发酵系统以及施肥系统；发酵系统连接源头黑水收集装置，发酵系统通过自动抽水装置连接施肥系统，施肥系统位于农作物的根系部位滴漏施肥。本申请中，采用黑水与灰水进行分离，黑水通过发酵后对农作物的根系部位滴漏施肥，实现了高效、环保、安全并且造价低廉的自主化黑水发酵施肥全过程。另外，本申请还提供了一种施肥方法，采用该方法实现简单的自动化操作，减少人力投入，减少人工操作沼气中毒的风险，在源头上分离黑、灰水，实现黑水处置发酵、自动抽有机肥水和定点滴漏施肥工作。