本发明涉及一种智能变电站信号一致性核查方法及系统，其方法包括以下步骤，利用智能对点装置对远动装置的遥信配置和遥测配置进行校验；在所述远动装置的遥信配置和遥测配置校验通过后，利用所述智能对点装置对集控站的遥信和遥测进行自动验收；在所述集控站的遥信和遥测验收通过后，以所述智能对点装置为被遥对象，以对所述集控站的遥控进行验收。本发明一种智能变电站信号一致性核查方法及系统采用智能对点装置模拟保护、测控等间隔层设备，以验收过的监控后台为基准核验站内信号正确性，并与集控主站完成信号一致性核查；本发明的智能变电站信号一致性核查无需停电，且以已运行多年的监控后台为基准，保证了智能对点装置模拟信号的正确性。