本发明公开了一种考虑充电态储能的自动低频减负荷配置方法及系统，包括：获取现有自动低频减负荷方案、网内可控储能机组信息；监测现有低频减负荷方案中第r轮包含的减负荷支路的实时有功功率，计算当前时刻各轮次实际可控减负荷量；计算当前时刻各轮次的减负荷欠控量；监测可控储能机组的运行状态和实时有功功率；计算各储能机组的等效可控减负荷量；根据各轮次减负荷欠控量与各储能机组的等效可控减负荷量，将处于充电状态的储能机组依序纳入各轮次减负荷控制序列；间隔刷新时间到达之前，若触发低频减负荷控制，则按上述所设控制序列执行储能机组减负荷控制。本发明解决了现有高比例新能源接入电网后，传统自动低频减负荷策略出现的欠控问题。