本发明公开了一种井下旋转井壁取心控制方法及系统，涉及探井技术领域，方法包括：获取针对于各个岩层特性的地层的实验取心数据和实井取心数据；实验取心数据包括实验取心运行参数和实验取心评价指标，实井取心数据包括实井取心运行参数和实井取心评价指标；对各个岩层特性的地层的实验取心数据和实井取心数据进行分析，确定各个岩层特性对应的预设取心操作参数；获取与待取心地层的岩层特性相匹配的预设取心操作参数；将预设取心操作参数与采集到的取心运行参数进行比对，根据比对结果生成取心操作指令；将取心操作指令下发给相应的执行机构进行执行。通过上述方式，能够实现取心作业的自动化控制，并且，能够提高取心仪对不同地层的适应能力。