本发明公开了一种利用氨氧化污泥抑制抗性基因传播的方法，属于污水处理技术领域。本发明提出一种利用氨氧化污泥抑制抗性基因传播的方法。通过富集氨氧化污泥，利用人工合成污水作为富集氨氧化污泥反应器的进水进行实验，随着抗生素浓度的增加，丰度较高的抗性基因都呈现下降的现象。与此同时，长期运行条件下，生物脱氮效果并没有受到抑制。本发明的方法不仅能够去除污水中常规的污染物，还可以有效地抑制抗性基因的传播，可以减少病原体在自然界的传播和侵害，从而保护生物多样性和生态系统的稳定性。