本发明公开了一种火箭多级系统间数据传输方法以及数据传输系统，涉及电子通信技术领域。其中，数据传输方法包括：遥测主系统生成至少一个控制指令；控制指令具有相应的通讯标识和任务标识；遥测主系统根据通讯标识，确认与控制指令对应的目标指令发送子通道，随后通过目标指令发送子通道将控制指令传输至目标分系统中，以使目标分系统读取任务标识，并根据任务标识执行相应的高空分离任务；遥测主系统通过数据传输子通道接收由相应目标分系统发出的该目标分系统在执行高空分离任务时的运行数据。该所述数据传输方法可以避免主从系统之间受到分离力的干扰，且实现分系统执行高空分离任务后在一定时间内的数据交互。