本发明属于水电站快速闸门的控制系统领域，具体涉及一种水电站快速闸门的后备控制系统，包括X个快速闸门、X个主PLC控制系统、一个后备PLC控制系统、独立设于后备PLC控制系统和X个主PLC控制系统中的信号输入回路与信号输出回路；本发明在原有水电站快速闸门主PLC控制系统的基础上，增设后备PLC控制系统，在信号检测、信号传输、信号处理、控制信号的发送等过程完全相同的情况下，利用主PLC控制系统的无源节点来控制后备PLC控制系统的切入时机，进而完成对快速闸门的接管控制，提高了快速闸门使用的可靠性与安全性。