本发明公开了一种膜下清淤方法、系统、设备及存储介质。该方法包括调整升降机构、旋转机构、挖泥机构，使得挖泥机构的回转半径为R，入水深度为H+h；通过旋转机构带动挖泥机构旋转半圈，即可在淤泥中得到一个宽度为r、深度为h的施工带；重复上述步骤，直到在H+h的深度上完成半径R+r的区域的清淤；再重复上述步骤，直到在H+n*h的深度上完成R+r的区域的清淤。本发明，不但可以最大程度地实现无害化清淤、提高淤泥池清淤作业效率；而且还可以实现膜下清淤的快速性、精确性，能够弥补现有膜下清淤作业在清淤效率上、应用范围上、以及精准控制上存在的问题；同时，通过该膜下清淤方法，还可以有效增加作业范围，提高工作效率。