本发明公开一种飞行自组网分簇维护方法、系统及电子设备，涉及飞行自组网技术领域，所述方法包括：获取飞行自组网各簇中各飞行节点的运动状态信息的初始值；对任一当前簇的运动状态信息进行更新和离簇检测操作包括：基于各飞行节点的运动状态信息的初始值，确定超级簇头、簇头、备用簇头和簇成员；利用通感一体化波形对各拓扑信息表中的运动状态信息进行更新；利用通感一体化波形对超级簇头、簇头和簇成员进行离簇检测操作；将所有离簇的超级簇头、离簇的簇头、离簇的簇成员以及新加入飞行自组网的飞行节点确定为潜在新节点；利用通感一体化波形对各潜在新节点进行入簇操作。本发明减少了分簇维护过程的通信时隙资源开销，提高了分簇维护的效率。