本发明提供一种基于图论的无人机与物流柜协同配送方法、系统、存储介质和电子设备，涉及无人机配送技术领域。本发明首先读取配送场景信息，并构造相应的有向图，其次获取有向图的第一路径集合和第一非活跃环集合，以获取第一不可执行路径集合、第一不可执行非活跃环集合和第一可执行路径终点集合，进一步地，以空载飞行距离最短为原则，添加合适的空载飞行航段对有向图进行调整更新，再次获取更新后的有向图的第二路径集合、第二非活跃环集合和第二活跃环集合，最后调用方案生成方法输出可行的配送方案。可以最大限度的减少无人机空载飞行的航段，由于无人机的运输过程中所消耗的电能与其飞行距离大致成正比，因此能够大幅减少任务配送的成本。