一种基于间隔层保护划分的故障区段定位方法及系统，其特征在于，所述方法包括以下步骤：在变电站馈线侧出线断路器位置设置间隔层保护决策单元，并将所述间隔层保护决策单元与站域层保护主机、终端层保护系统通信连接；利用所述保护决策单元采集间隔层范围内的节点拓扑信息和节点故障信息；基于所述节点拓扑结构生成各节点之间线路区段的道路矢量，利用所述道路矢量计算不同节点故障或节点组合故障下线路区段的开关函数；利用故障定位目标函数计算线路区段的逼近增益，递归故障候选集，直到确认当前故障区段。