本发明提供了一种磁悬浮轴承控制系统，包括线圈电源；所述线圈电源在线圈控制器的控制下对线圈组合供电，线圈组合由磁悬浮轴承中沿中轴圆周均布的多个线圈组组成，线圈控制器对每一线圈组独立接线控制；线圈控制器的数据输入端前级依次接入第二矩阵乘法器、偏转计算器、第一矩阵乘法器、磁传感器组；磁传感器组由磁悬浮轴承中沿中轴圆周均布的多个磁传感器组成。本发明能极大的提升对磁悬浮轴承的控制精度，有效提升精确程度和控制精细度，且成本提升不高，以便更广泛地应用磁悬浮轴承技术，能够有效应对高速旋转和高负载，且能确保长期运行的稳定性和可靠性。