本发明公开了一种基于磁粉制动器的无人机拦阻系统及其控制方法，涉及航空航天技术中的无人机起落技术领域。能够在有限空间内安装、维护，并可以基于实际拦阻过程中的未知因素(顺风、降雨等)，实时调节拦阻力矩大小，实现拦阻距离和过载的精确控制。所述无人机拦阻系统包括拦阻索以及连接在拦阻索两端的两个拦阻装置，所述拦阻装置包括分离式外壳、电源及控制器、回收电机、磁粉离合器、传动轴、挂钩、绞盘和磁粉制动器。本发明通过磁粉制动器在自适应控制下刹车力矩的作用，控制绞盘的转动速度，从而控制拦阻索的放出速度和无人机的速度曲线。