本发明一方面公开了一种复合脂质体佐剂及其制备方法，所述复合脂质体佐剂包封率为90.08％，粒径为110±20nm，电位为‑20.30±10.65mV。本发明还公开了一种口蹄疫亚单位疫苗，所述疫苗含有所述的复合脂质体佐剂和口蹄疫VLPs。本试验获得的复合脂质体佐剂具有良好的包封率，较小的纳米粒径。且复合脂质体佐剂制备方法简单，容易放大，适合大规模生产应用。使用本发明制备的复合脂质体佐剂配制口蹄疫亚单位疫苗对健康猪进行免疫；免疫后实验组的ELISA抗体效价和中和抗体效价均高于商品组。说明本发明制备的复合脂质体佐剂对口蹄疫亚单位疫苗有较好的免疫效果，且比现在市场应用的商品化佐剂效果要好。适合在口蹄疫亚单位疫苗进行大规模商业化应用。