本发明属于磁悬浮电机冷却技术领域，公开了一种双级磁悬浮透平真空泵的自冷却系统及方法，其中一种双级磁悬浮透平真空泵的自冷却系统，包括双级磁悬浮电机，双级磁悬浮电机包括电机外壳，电机外壳的一侧安装有一级空气流道，电机外壳的另一侧安装有二级空气流道，一级空气流道的出风口与二级空气流道的进风口之间通过连通管路连通，连通管路上靠近二级空气流道的位置处连通有自吸软管，自吸软管的另一端与电机外壳的内腔连通，电机外壳上开设有用于将外部冷风引入电机外壳内的冷却风进风道，本发明能够对双级磁悬浮透平真空泵进行自冷却，减少了能源的消耗。