本发明公开了一种脱除费托合成油品中含氧化合物的方法，属于煤化工技术领域，解决了现有的能耗高、工艺复杂以及含氧化合物脱除不彻底的问题。一种脱除费托合成油品中含氧化合物的方法，包括以下步骤：步骤S1、将费托合成油品、水、碳化物和催化剂混合，并在惰性气体保护下搅拌反应得到反应液；步骤S2、将步骤S1中的反应液过滤得到滤液，将滤液通过层析柱脱醇处理后得到脱除含氧化合物的费托合成油品。本发明的方法简单、操作简便易行，有效脱除费托合成油品中的醇、醛、酸、酮和酯等含氧化合物，油品回收率高。