本发明公开了用于检测雪茄烟侧脉粗细的KASP分子标记及其应用。一个KASP标记在雪茄烟品种选育中的应用，所述KASP标记位于雪茄烟侧脉粗细GWAS定位的显著关联位点Hic_asm_19号染色体上106941646bp，该位点碱基为G或T，在该位点的两种纯合基因型GG和TT品种在侧脉粗细的表型上出现显著差异，在GWAS群体中，GG基因型品种表型表现为侧脉粗，而TT基因型品种表型表现为侧脉细，所述的侧脉粗表现为侧脉直径大于等于1.8mm，所述的侧脉细表现为侧脉直径小于1.8mm。本发明为雪茄烟品种的筛选提供了一种高效、简便、可靠的参考标记，有效提高了雪茄烟分子育种和遗传改良效率。