本发明公开了一种猪球虫卵囊的分离纯化方法，包括以下步骤：A、收集仔猪感染球虫后排出的含有卵囊的粪便，向含有卵囊的粪便加入活性溶液，搅拌均匀后离心获得沉淀物Ⅰ；B、向沉淀物Ⅰ加入饱和尿素溶液，搅拌均匀后离心获得悬浮液Ⅰ；C、将悬浮液Ⅰ转移至吸附溶液中，搅拌均匀后离心获得沉淀物Ⅱ；D、向沉淀物Ⅱ加入饱和氯化钠溶液，搅拌均匀后获得悬浮液Ⅱ；E、将悬浮液Ⅱ转移至水中，搅拌均匀后离心获得猪球虫卵囊。本方案提出的一种猪球虫卵囊的分离纯化方法，有利于同时提升猪球虫卵囊的回收率和纯度，步骤简单，操作性强，分离成本低且分离效率高。