本发明公开了一种配电网相间故障方向判别方法及系统，包括采样模块(100)、采样电流转换模块(200)、负序电流计算模块(300)以及故障保护方向判别模块(400)；在两相短路故障保护启动时间t0进行一个周波T时长采样，得到故障保护启动后一个周波内的三相电流；将所述故障保护启动后一个周波内采样得到的三相电流分别进行傅里叶变换，得到傅里叶变换后的三相电流；计算两相短路故障后流经保护的负序电流；判别两相短路的故障保护方向。与现有技术相比，本发明能够确保分布式光伏接入的配电网中发生两相短路时故障方向的快速可靠判别。