本发明公开了用于调频辅助服务市场和能量市场的联合出清方法及系统，属于电力系统调度技术领域，包括：基于风电、光伏发电、火电和储能在辅助服务市场和能量市场的参与程度，以用电总成本最小为目标建立目标函数；基于目标函数，通过设置功率平衡约束、常规机组运行约束、风光机组约束和储能约束，建立考虑性能差异的新能源与储能参与调频的辅助服务模型；基于辅助服务模型，通过计算历史调频性能指标并对其归一化处理，进而排队出清，并通过层次分析法计算出不同类型机组各调频指标所占权重，修正各调频服务提供商的初始报价；本发明实现发挥了不同类型调频厂各自优点，协调完成系统调频任务，降低了用电总成本。