本发明涉及基于电碳耦合的能源系统调度控制方法与系统、存储介质，包括以下步骤：获取能源系统中参与调度的光伏电站预测功率和柔性负荷用电功率信息与电碳联合市场电价和碳价信息；基于所获取的信息建立双层调度模型并设定约束条件；基于约束条件，求解双层调度模型，根据求解结果得到能源系统的调度方案。通过联合市场电价和碳价与能源系统调度之间的迭代交互，最终实现能源系统调度出力以及联合市场电价和碳价的收敛。得到联合市场电价和碳价与能源系统调度出力，并根据最终求解结果，优化能源系统调度分布式能源出力，储能系统充放电以及柔性负荷用电量；调度发电机以及可再生发电出力，从而实现能源系统调度与联合市场的均衡调度。