本发明公开了一种基于生物遗传信息的疾病风险预测方法及系统，包括S1、根据待预测疾病列表，收集每种疾病的疾病相关数据和人体遗传信息数据，然后构建疾病相关以及遗传信息数据库；S2、针对每种疾病计算每个疾病相关位点的odds(D|Ref)，以及每个疾病相关位点的每种基因型的#imgabs0#值，并保存在疾病相关以及遗传信息数据库中；S3、收集待预测个体的基因组数据，针对每种疾病计算个体多个疾病相关位点的#imgabs1#值，以及个体患病的绝对风险；S4、根据每种疾病的个体患病的绝对风险，生成个体预测报告。本发明通过对基因位点对应OR值进行转换计算，得到相对于普通人群的新OR值来计算个体患病的绝对风险，提高了疾病风险预测的精度。