本发明提供了一种具有初期耐水性的水性环氧酯树脂组合物及其制备方法，设计两步酯化法分别制备共轭型环氧酯中间体A和非共轭型环氧酯中间体B，并通过分段滴加的方式将第一组分、第二组分和第三组分，依次滴加至共轭型环氧酯中间体A和非共轭型环氧酯中间体B的混合物中，以对两种环氧酯中间体进行接枝改性，利用共轭型环氧酯中间体A中的共轭双键更易与乙烯基单体共聚的特性，提高亲水型乙烯基单体D对于环氧酯中间体的接枝率。另外，通过共轭型环氧酯中间体A和非共轭型环氧酯中间体B这两种环氧酯中间体的搭配使用，能够保证水性环氧酯树脂组合物兼具较好的接枝率和相对较高的氧化交联官能度，实现提升水性环氧酯涂层的初期耐水性。