本发明提供了一种基于电子档案的网络安全防护方法及系统，所述方法包括：接收用户上传的登录信息并生成身份验证指令，基于身份验证指令进行双重身份验证；接收用户上传的目标档案操作指令，基于预设加密算法对目标档案进行加密生成第一字符密文并进行哈希运算，生成第一数字签名；对第一数字签名进行解密，得到第一摘要值；对第一字符密文进行解密，提取字符密文中的第一目标档案，对第一目标档案和第一摘要值进行哈希运算，得到第二摘要值；对第一摘要值和第二摘要值进行匹配验证，当第一摘要值和第二摘要值完全匹配时，将第一目标档案发送至用户。本发明对用户进行双重身份验证并结合加密算法、哈希算法提高电子档案管理的安全性和可靠性。