本发明涉及一种水利工程中渠道衬砌方案的确定方法，应用于水利工程技术领域中，包括：获取N个渠道衬砌方案的基础信息和灌区生态耗水量的目标值；分别将每一渠道衬砌方案的基础信息和灌区生态耗水量的目标值，输入至预先设定的分布式水循环模型中，得到每一渠道衬砌方案的渠系水利用系数模型值；根据每一渠道衬砌方案所对应的渠系水利用系数模型值和预先设定的取值范围，确定出候选渠道衬砌方案及数量；若候选渠道衬砌方案的数量大于等于2，则评估各候选渠道衬砌方案所需成本；根据各候选渠道衬砌方案所对应的渠系水利用系数模型值和预先设定的取值范围以及所需成本，筛选出初始渠道衬砌方案；基于初始渠道衬砌方案，确定最终渠道衬砌方案。