本申请提供一种基于GIS的空间数据处理方法及系统，通过事先部署的特征编码网络对移动尺取后得到的每一子GIS空间数据簇进行空间数据特征提炼，依据得到的子GIS空间数据簇编码特征和预设对照数据库中的每一对照空间数据的编码特征，对每一子GIS空间数据簇进行异常识别，得到异常识别子结果，从而依据多个子GIS空间数据簇的异常识别子结果，确定拟检测GIS空间数据集对应的异常识别结果。基于此，通过具有初阶特征提炼网络层和进阶特征提炼网络层构成的特征编码网络对每一子GIS空间数据簇进行空间数据特征提炼，如此可以精准挖掘出到子GIS空间数据簇的子GIS空间数据簇编码特征，进而基于子GIS空间数据簇编码特征能够对拟检测GIS空间数据集进行精确可靠的检测。