本发明公开一种三相有源阻尼器多频阻尼自适应控制方法，该方法基于级联型二阶广义积分器及锁频环控制策略，通过精确提取PCC点电压中各频次谐波信息，生成有源阻尼器所需吸收的谐波电流参考，实现有源阻尼器对新型电力系统各频段谐振的同时抑制，与现有发明不同，本发明无需提前获知系统谐波频率信息与所需补偿的负阻尼信息，仅通过采集公共耦合点电压信号即可对实现系统输出电阻自适应调节和对系统同时出现的多个谐振点的谐波抑制，实现方式简单，使用效果显著，适用范围广泛，能够有效提高系统的稳定性。