本发明计算机科学和生物网络领域，尤其涉及一种基于转录调控逻辑解码的细胞信号传导网络分析方法，该方法包括采集第一数据、第二数据和第三数据，对所述第一数据、所述第二数据以及所述第三数据进行预处理；根据进行预处理后的数据建立转录因子调控网络；分析逻辑关系，确定每个所述逻辑关系的置信度；使用置信度对应的逻辑关系验证所述转录因子调控网络的组合数据和基因组数据是否符合预期，得到验证结论；基于所述验证结论更新所述转录因子调控网络。本发明通过建立具有高准确性的转录因子调控网络，提高了基因调控网络分析和建模的准确性和深度。