本发明公开了一种卫星双向时间频率传递中电离层误差的修正方法及系统，其先分别基于GNSS数据和GIM数据处理得到穿刺点处的垂直电子含量，然后计算两者之间的差值得到差分垂直电子含量，它可被视为电离层产品误差与不确定性的衡量。然后，针对差分垂直电子含量构建球谐函数预测模型，利用该模型预测出实时的差分垂直电子含量，充分利用了历史观测数据来提供可靠的预测结果。然后，基于预测结果对GIM电离层产品进行修正，并将修正后的电离层产品应用于卫星双向时间频率传递中电离层误差的改正，提升了电离层时延修正的准确性、实时性和自适用性，从而提高了双向时间频率传递的准确性，对时频、卫星导航以及通信等领域具有重要意义。