本发明公开了一种分段部分亚硝化耦合短程反硝化厌氧氨氧化处理系统及方法，进水池的出口经进水管及第一抽提泵与第一段生物滤柱顶部的入口相连通，第一段生物滤柱底部的出口经第二抽提泵与第二段生物滤柱顶部的入口相连通，第二段生物滤柱底部的出口经出水管与出水池相连通；曝气泵的出口与第一段生物滤柱上侧的气体入口及第二段生物滤柱上侧的气体入口相连通，该系统及方法能够无外加碳源低耗处理高氮废水；所述第一段生物滤柱的上侧为好氧区段；所述第一段生物滤柱的下侧为缺氧区段；所述第二段生物滤柱的上侧为好氧区段，所述第二段生物滤柱的下侧为缺氧区段。