本发明涉及数据处理技术领域，提供一种电子单据处理方法及系统。所述电子单据处理方法包括：构造初始过滤器，所述初始过滤器基于标准过滤器结合动态计数链表构建；其中，所述标准过滤器采用比特位数组结构存储，所述动态计数链表采用链表存储所述标准过滤器位数组中可能被插入多个元素的比特位置及其被插入元素的个数；将当前处理平台存储的已查重单据映射插入所述初始过滤器，获得目标过滤器；响应于用户发送的单据查重请求，利用所述目标过滤器对所述单据查重请求中携带的待处理单据进行查重处理。本发明利用所述目标过滤器进行电子单据查重，能够提高查重效率。